Krakowska slawistyka jest najstarszą filologią słowiańską w Polsce, a jej początki sięgają pierwszych lat XIX wieku. Przez kolejne lata swojego istnienia funkcjonowała pod różnymi nazwami: znana była jako pierwsze na ziemiach polskich Seminarium Filologii Słowiańskiej, Studium Słowiańskie, czy Katedra Filologii Słowiańskiej.
Na początku lat 70. XX wieku Katedrę Filologii Słowiańskiej przekształcono w Instytut Filologii Słowiańskiej, w skład którego weszły dwa zakłady: Zakład Językoznawstwa Słowiańskiego i Zakład Literaturoznawstwa Słowiańskiego. Kolejnej reorganizacji dokonano w 1994 roku. Na miejsce zakładów powołano cztery katedry: Katedrę Filologii Bułgarskiej i Macedońskiej, Katedrę Filologii Czeskiej i Łużyckiej, Katedrę Filologii Chorwackiej, Serbskiej i Słoweńskiej i Katedrę Filologii Słowackiej. Poszczególne katedry prowadzą badania naukowe w zakresie języków i literatur słowiańskich, studia porównawcze, opracowują podręczniki i skrypty (zob. listę publikacji za ostatnie lata).
Od 1991 roku Instytut wydaje własną serię pod nazwą „Prace Instytutu Filologii Słowiańskiej”, a od 2006 roku serię „Subsidia Slavica Cracoviensia”, pod redakcją prof. Jacka Balucha.
Instytut Filologii Słowiańskiej do roku akademickiego 2006/2007 prowadził stacjonarne, pięcioletnie studia magisterskie, zwane potocznie slawistyką. Od roku akademickiego 2007/2008 w miejsce studiów pięcioletnich uruchomione zostały trzyletnie studia licencjackie, a od 2010/2011 wprowadzona zostanie ich kontynuację – dwuletnie studia magisterskie. Podstawą tych studiów – zgodnie ze współczesnym rozumieniem filologii – jest wykształcenie w zakresie językoznawstwa i literaturoznawstwa (w kontekście historii i innych przedmiotów ogólnohumanistycznych).
Co roku w IFS otwiera się studia na pięciu specjalizacjach językowych: czeskiej, słowackiej, serbskiej, chorwackiej i bułgarskiej. Języki specjalizacji nauczane są w ogólnym wymiarze 900 godzin (licencjat+magisterskie). Oprócz języków specjalizacji, studenci naszej filologii uczą się również innych języków słowiańskich: studiach licencjackich, na II i III roku języka rosyjskiego, a na roku IV i V języka słoweńskiego lub macedońskiego. Obowiązkowa jest kontynuacja języka zachodniego ze szkoły średniej.
Poza tym na II stopniu studiów, w ramach specjalizacji językoznawczej prowadzone są też lektoraty języka górnołużyckiego, greckiego i litewskiego (do wyboru).
Oprócz studiów stacjonarnych można podjąć naukę na niestacjonarnych, zaocznych studiach licencjackich „Języki i kultura Słowian” i kontynuować na uzupełniających studiach magisterskich „Języki i kultura Słowian”, które od roku akademickiego 2007/2008 zmieniły profil z kierunku FILOLOGIA na kierunek KULTUROZNAWSTWO. Studia te są odpłatne.

Publikacje pracowników instytutu z ostatnich lat.