Instytut Filologii Słowiańskiej UJ posiada bogatą i niezwykle cenną bibliotekę, na którą składa się ponad 50 tys. wolumenów i około 5 tys. roczników czasopism (w tym absolutnie unikalnych w Polsce, np. czasopisma slawistyczne węgierskie czy albańskie w języku francuskim).

Bibliotekę wyróżnia w skali całej neofilologii zaopatrzenie w dzieła z zakresu językoznawstwa ogólnego
i literaturoznawstwa (teoria, metodologia) oraz szeroko pojętej slawistyki. W ostatnich latach biblioteka wzbogaciła się o dary pochodzące z księgozbiorów profesorów: Urbańczyka, Sławskiego i Zaręby w zakresie językoznawstwa oraz profesora Niedzieli w zakresie literatury (niestety, brak jest środków finansowych na opracowanie tych kilku tysięcy książek); biblioteka posiada także starszy, cenny legat po Vlastimilu Hoffmanie. Wśród książek językoznawczych wiele cennych i rzadkich dział ma dedykacje najwybitniejszych slawistów światowych dla profesorów tzw. krakowskiej szkoły językoznawczej.

Pracownicy i studenci krakowskiej slawistyki mogą także korzystać z bardzo dobrze zaopatrzonej w slavica, położonej w sąsiedztwie IFS, Biblioteki Jagiellońskiej (m. in. cenny legat po Bohdanie Jelinku) oraz z Biblioteki PAU, zawierającej slavica XIX-wieczne. Blisko IFS znajduje się także bardzo dobrze zorganizowana Biblioteka Wojewódzka.

Biblioteka IFS UJ prowadzi stałą wymianę z 9 krajami (Czechy, Słowacja, Bułgaria, Serbia, Chorwacja, Słowenia, Niemcy, Austria, Włochy; okazjonalnie także Rosja, Litwa, USA).

Biblioteka posiada czytelnię na 28 miejsc, w tym 4 skomputeryzowane (z dostępem do sieci Biblioteki Jagiellońskiej i Internetu). Spośród wszystkich neofilologii czytelnia IFS czynna jest najdłużej (od poniedziałku do piątku w godz. 10.00 - 17.00, w soboty specjalne godziny otwarcia dla zawodowych studiów licencjackich). Wypożyczalnia jest czynna w godzinach 11.00 - 14.00.

Biblioteką opiekują się 3 bibliotekarki: mgr Maria Sokołowska-Zwoleń, bułgarystka (kierownik
biblioteki), mgr Ewa Tomczyk, bułgarystka i mgr Wanda Motyka, bohemistka. Wszystkie posiadają
dodatkowe uprawnienia bibliotekarskie i stopień kustosza. 

Największym problemem biblioteki jest mała ilość środków finansowych na zakup książek oraz
odtwarzanie i uzupełnianie księgozbioru oraz niewystarczająca powierzchnia magazynu (ok.
60 m²), co powoduje, że część księgozbioru (głównie czasopisma, ale i część książek) z konieczności umieszczona została w gabinetach i salach wykładowych.